L'histoire de Naruto-Destiny prend place juste après la quatrième grande guerre ninja. Vous allez maintenant découvrir les détails:
- Tsunade, Ao, Mei Terumi et le vieux Onoki se sacrifièrent pour la paix. Ils unifièrent leurs forces et combattirent vaillamment Madara et ses Bijus. Tous les Kage et Madara moururent au combat.
- Le combat entre Naruto et Sasuke restera a tout jamais gravé dans les esprits des ninja comme étant le combat du siècle. Finalement, personne n'en sortit vainqueur ni perdant. Nul ne sait ou ces deux âmes finirent....
- Suna fut ravagé par l'Akatsuki.
- Darui fut nommé Raikage après la mort de Ao.
- Killer Bee ne revint jamais au village. Nul ne sait ou celui-ci rode.
- Kabuto est le dernier survivant de l'Akatsuki et des rumeurs racontent qu'il essaye de recruter des ninjas dangereux.
- Oto et Ame sont sous l'emprise de Kabuto et de sa nouvelle légion de ninja.
- Les villages décidèrent de créer la deuxième grande alliance shinobi afin de combattre Kabuto.